A gestão do Convênio é realizada basicamente em três níveis: Estratégico, Tático e Operacional, que são caracterizados a seguir:

Nível Estratégico
Neste nível a gestão do Convênio é feita através de um Comitê Gestor que é composto por quatro(4) membros da Embrapa e quatro (4) membros da Petrobras, sendo dois titulares e dois suplentes.

Compete a este Comitê estabelecer diretrizes estratégicas para orientação do processo de produção, aprovação final da programação e de gestão do Convênio, sempre em consonância, com orientações de decisões do Comitê Gestor da Estratégia (CGE) e do Comitê Gestor da Programação (CGP) da Embrapa.

Nível Tático
Neste nível têm-se dois gestores do Convênio, um indicado pela Embrapa e um indicado pela Petrobras com funções e responsabilidades especificas.

Neste nível, também, tem-se o Gestor do Macroprograma 3 (Desenvolvimento Tecnológico Incremental do Agronegócio) e 4 (Transferência de Tecnologia e Comunicação Empresarial), figura programática do Sistema Embrapa de Gestão (SEG) que é responsável pelo recebimento das propostas de projeto, organização e envio a consultores “ ad hoc ” externos à Embrapa. Posteriormente, estes projetos são submetidos à avaliação e parecer de uma comissão técnica, denominada no SEG de Comissão Técnica de Macroprograma (CTMP) .Esta Comissão é composta por membros da Embrapa e de membros externos à Embrapa.

O acompanhamento dos projetos em execução é feito periodicamente, envolvendo o gestor do macroprograma, consultor “ ad hoc ” , membros da CTMP e membros do Comitê Gestor, seguindo a metodologia adotada pelo SEG.

Também, neste nível é feita a gestão dos recursos financeiros aprovados para a realização dos projetos. Esta gestão é feita pela Fundação de Apoio a Pesquisa e ao Agronegocio Brasileiro (FAGRO) e o gestor do Convênio por parte da Embrapa.

Nível Operacional
Neste nível as propostas de projetos são encaminhadas pelas diferentes Unidades de Pesquisa da Embrapa e/ou pelas Instituições Parceiras do Convênio, pertencentes ao SNPA (Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária), aos Macroprogramas 3 e 4 da Embrapa, no sentido de atender um Edital específico do Convênio.